La quasi-totalité de l'extension du Parc National de La Maddalena est un Site d'Intérêt Communautaire (SIC) en vertu de la directive "Habitat" 92/43 CE et est caractérisée par la présence de plus de 700 plantes distinctes, qui représentent un tiers de la flore sarde, avec plus de 50 espèces endémiques, qui représentent 25% de l'ensemble de la Sardaigne, plusieures autres espèces rares d'intérêt phytogéographique, et nombreux habitats d'importance communautaire.

Le paysage des îles de l'Archipel est fortement influencé par le facteur vent, le soleil, la sécheresse et la pauvreté des sols, le niveau de la mer et la distance du territoire continental.